Giai đoạn I (2009-2013)
Theo Quyết định số 1757/QĐ-TCCB của Đại học Quốc gia Hà Nội ngày 13 tháng 5 năm 2009 về việc thành lập Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo, Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo được thành lập và là một đơn vị trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội. Trung tâm được thành lập có chức năng nghiên cứu khoa học, đào tạo, ứng dụng khoa học, công nghệ và cung cấp các dịch vụ khoa học, công nghệ trong các lĩnh vực liên quan đến biển và đảo Việt Nam đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội và hội nhập quốc tế của đất nước.
Ngày 29 tháng 5 năm 2009 giám đốc Đại học quốc gia Hà Nội đã quyết định bổ nhiệm GS.TS nguyên Phó Hiệu trưởng trường Đại học Khoa học Tự nhiên ông Trần Nghi giữ chức vụ Giám đốc Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo (Quyết định số 1919/QĐ-TCCB).
Ngày 17 tháng 06 năm 2009 Giám đốc Đại học Quốc gia quyết định ban hành ban hành Điều lệ Tổ chức và hoạt động khoa học công nghệ của Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo (Quyết định số:2143/QĐ-TCCB). Ngày 24 tháng 06 năm 2009 Sở Khoa học và công nghệ đã cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ cho TTNCB&Đ theo số đăng ký: 245/ĐK-KH&CN.
Giám đốc TTNCB&Đ đã cùng với Trường hình thành đội ngũ cán bộ cho Trung tâm với 08 cán bộ chính và 34 cán bộ kiêm nhiệm.
Tuy nhiên, trong quá trình hoạt động Trung tâm Nghiên cứu Biển và đảo trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội không còn chức năng, nhiệm vụ theo yêu cầu sắp xếp về tổ chức của ĐHQGHN nên đã quyết định giải thể (Quyết định số 295/QĐ-ĐHQGHN ngày 22 tháng 01 năm 2014). Và được điều chuyển chức năng, nhiệm vụ, hoạt động khoa học công nghệ, tài chính, tài sản, trang thiết bị và các nguồn lực khác của Trung tâm trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội sang Trường Đại học Khoa học Tự nhiên theo Quyết định số 3796/QĐ-ĐHQGHN ngày 22 tháng 10 năm 2013 của Đại học Quốc gia Hà Nội.
Giai đoạn II (2013- nay)
Ngày 24 tháng 09 năm 2013 Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên quyết định thành lập Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo (Quyết định số:4156/QĐ-TCCB). Từ đây TTNCB&Đ hoạt động dưới sự chủ quản của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.
Ngày 26 tháng 09 năm 2013 Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên quyết định bổ nhiệm có thời hạn ông Trần Đăng Quy, Tiến sĩ, Giảng viên Khoa Địa chất nguyên Phó giám đốc Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội giữ chức vụ Phó giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Biển và đảo trực thuộc Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.
Ngày 22 tháng 11 năm 2013 Tổng cục Cảnh sát, Bộ Công An đã cấp giấy chứng nhận đăng kí mấu dấu cho Trung tâm nghiên cứu Biển và đảo (số:1772/13/ĐKMD)
Sau khi điều chuyển chức năng, nhiệm vụ, hoạt động khoa học công nghệ, tài chính, tài sản, trang thiết bị và các nguồn lực khác của Trung tâm trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội sang Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trung tâm vẫn hoạt động với 08 cán bộ chính và 34 cán bộ kiêm nhiệm tiếp tục nghiên cứu khoa học, đào tạo (theo quy định của pháp luật), ứng dụng khoa học, công nghệ và cung cấp dịch vụ khoa học, công nghệ trong các lĩnh vực liên quan đến biển và đảo Việt Nam đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội và hội nhập quốc tế của đất nước.