- Bằng khen của Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường về thành tích xuất sắc trong Triển lãm Môi trường toàn quốc năm 1997
- Bằng khen của Đại học Quốc gia Hà Nội cấp về thành tích nghiên cứu khoa học trong sinh viên năm 1998.
- Bằng khen của Đại học Quốc gia Hà Nội khen thưởng về thành tích xuất sắc trong đào tạo và nghiên cứu khoa học 1995-2000.
- Bằng khen của Bộ Khoa học - Công nghệ và Môi trường khen về thành tích đóng góp nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực Bảo vệ môi trường (2000).
- Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ về thành tích trong công tác, góp phần xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ tổ quốc (2001).
- Giải thưởng “ Môi trường Quốc gia năm 2005 ” do Bộ Tài nguyên và Môi trường tặng .
- Giải thưởng “Ý tưởng sáng tạo về môi trường Việt Nam” do Bộ Tài nguyên và Ngân hàng Thế giới đồng tổ chức trao tặng (2005).
- Bằng khen và phần thưởng của Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường Việt Nam về thành tích bảo vệ môi trường (2003, 2018).
- Huân Chương Lao động Hạng ba về thành tích xuất sắc trong công tác giáo dục và đào tạo từ năm học 2004 đến năm 2008-2009 góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc cho tập thể cán bộ viên chức Khoa Môi trường của Chủ tịch nước Cộng hoà Xã hội chủ nghĩa Việt Nam (2010)
- Huân chương Lao động hạng Nhì của Chủ tịch nước (2015)
- Giải thưởng Môi trường Quốc gia của Bộ Tài nguyên và Môi trường (2015)
- Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ của Bộ Khoa học và Công nghệ (2015, 2019)
- Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo , Bộ Giáo dục và Đào tạo (2016, 2019)
- Cờ thi đua của Đại học Quốc gia Hà Nội Đại học Quốc gia Hà Nội (2018, 2019)
- Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và môi trường của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và môi trường (2015, 2019)
- Cờ thi đua của Bộ giáo dục và đào tạo Bộ Giáo dục và Đào tạo (2019, 2020)
- Cờ thi đua của Chính của Thủ tướng Chính phủ (2019)
Các đơn vị, tổ chức đoàn thể và cá nhân thuộc Khoa cũng được nhận nhiều hình thức khen thưởng:
- Bộ môn Thổ nhưỡng và Môi trường đất được tặng Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ (2004). Huân chương Lao động hạng 3 (2008).
- Công đoàn Khoa Môi trường đã được Công đoàn Đại học Quốc gia Hà Nội khen thưởng về thành tích hoạt động công đoàn các năm 2004, 2006, 2008, Công đoàn bộ phận vững mạnh từ 2012 đến 2019, Bằng khen của của Công đoàn Giáo dục Việt Nam năm 2016.
- Liên chi đoàn Thanh niên Khoa Môi trường đã được Trung ương đoàn Thanh niên Cộng Sản Hồ Chí Minh, Thành đoàn Hà Nội tặng Bằng khen về thành tích trong phong trào sinh viên vào các năm gần đây như 2016, 2018, 2019
- Chi bộ Khoa Môi trường và nhiều đảng viên trong chi bộ được Đảng ủy Trường Đại học Khoa học Tự nhiên khen về thành tích công tác Đảng. Chi bộ Khoa môi trường được đánh giá là chi bộ trong sạch vững mạnh, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ nhiều năm liên tiếp gần đây nhất là từ năm 2015-2020.
- GS.TSKH Nguyễn Cẩn, NGƯT được tặng Huân chương Lao động hạng Hai năm 2004.
- GS.TS. Lê Văn Khoa và GS.TS. Phạm Ngọc Hồ được tặng danh hiệu Nhà giáo ưu tú năm 2006.
- 10 cán bộ (GS.TS. Lê Văn Khoa, GS.TS. Phạm Ngọc Hồ, PGS.TS. Lưu Đức Hải, PGS.TS. Nguyễn Đình Hoè, PGS.TS. Trịnh Thị Thanh, PGS.TS. Hoàng Xuân Cơ, PGS.TS. Lê Đức, PGS.TS. Đồng Kim Loan, PGS.TS. Nguyễn Thị Hà, PGS.TS. Nguyễn Ngọc Minh) được tặng Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ.
- 6 cán bộ (GS.TS. Lê Văn Khoa, GS.TS. Phạm Ngọc Hồ, PGS.TS. Lưu Đức Hải, PGS.TS. Trịnh Thị Thanh, PGS.TS. Hoàng Xuân Cơ, PGS.TS. Lê Đức) được tặng Huân chương Lao động hạng Ba.
- PGS.TS. Nguyễn Ngọc Minh nhận giải thưởng Tạ Quang Bửu năm 2016
- Tập thể cán bộ nữ Bộ môn Công nghệ môi trường nhận giả tưởng Kovalevskaya năm 2019.
- Nhiều cán bộ trong Khoa được nhận Bằng khen của Đại học Quốc gia Hà Nội và Trường Đại học Khoa học Tự nhiên về thành tích trong đào tạo, nghiên cứu khoa học và hoạt động Công đoàn.